Im Jahre 1280 war das Franziskanerkloster St. Peter und Paul als drittes Kloster von Herzog Heinrich d. Ä. gestiftet worden. Die Klosterkirche war eine geräumige und hohe, dreischiffige gotische Kirche mit einem schlichten Dachreiter, der in der Barockzeit ein Zwiebeltürmchen wurde. 1802 wurde das Kloster säkularisiert und in den folgenden Jahren mit der Kirche bis auf einen Teil des Kreuzganges abgebrochen. Der Hochaltar kam 1805 etwas verändert in die Jodokskirche.

Bau von 1840

1835 durften die Franziskaner auf Wunsch der Bürgerschaft wieder ein "Hospitium" begründen. Nachdem sich bei ersten Verhandlungen das angebotene Kloster Seligenthal als ungeeignet erwies, zogen sie in das Kloster der Kapuzinerinnen bei Maria-Loreto, die nach der Säkularisation keine neuen Mitglieder aufnehmen durften. 1840 baute man eine neue Kirche im neuromanischen Stil, auch die Konventgebäude wurden weger der zunehmenden Zahl der Patres vergrößert.
Am 19.03.1945 fiel die Kirche samt den Klostergebäuden einem schweren amerikanischen Luftangriff zum Opfer. 1950 wurde die neuerbaute Kirche geweiht. In einer seitlichen Kapelle wird eine Kopie des Gnadenbildes von Maria Loreto bei Ancona hoch verehrt, die der Gründer der Loretokapelle Frh. Friedrich Eckher von Kapfing von dort etwa 1625 hergebracht hatte.
Ende August 2002 haben die Franziskaner nach über 700 Jahren Landshut wieder verlassen.
Die Kirche wurde von der rumänisch-orthodoxen Metropolie übernommen und gottesdienstlich genutzt.
Das Gnadenbild aus der Kapelle hat der Wallfahrtsfrauen-Verein übernommen und es nach St. Jodok überführt.

(Autor: Pfr. Alfred Rössler)